La prima sparatoria è stata provocata alle 9.50 circa (le 8.50 italiane) dal tentativo dei miliziani di Mohamed Hadj Aden, uno dei vice presidenti del "governo" del gen. Mohamed Farh Aidid (autoproclamatosi, nel giugno scorso, presidente della Somalia), di infiltrarsi nel convoglio della Bonino. La commissaria Ue era stata accolta all'aereoporto dal gen. Mohamed Said Morgan, che attualmente controlla Chisimaio ed è schierato nel fronte anti-Aidid. Dopo che due colpi d'arma da fuoco erano stati esplosi contro il convoglio della Bonino, i miliziani di Morgan, che lo scortavano, hanno sparato alcune raffiche di fucile mitragliatore a scopo intimidatorio. Il convoglio ha quindi ripreso il suo cammino per Chisimaio. Intorno alle 13.00 locali, un'altra sparatoria più intensa, c'è stata quando il convoglio stava per giungere dalla città all'aereoporto, dove un Hercules c-130 era in attesa sulla pista per il previsto trasferimento a Bardera, ultima tappa della missione della Bonino.Dalla boscaglia i miliziani di Aden hanno aperto il fuoco e quelli di Morgan hanno risposto. La sparatoria si è accentuata al momento del decollo dell'aereo, avvenuto in condizionii di emergenza e dopo che il convoglio aveva in un primo tempo invertito direzione di marcia per rientrare a Chisimaio. Dopo il decollo i miliziani di Aden si sono ritirati.
